Historie 2000 — 2010
Výstavba v počátečních letech nového tisíciletí pokračovala ve stejném tempu jako v předchozím období. Ukončila se přestavba vnitřních prostor pavilonu šelem, v roce 2003 bylo dokončeno další obří akvárium o objemu 42 000 litrů a s ním související přesun terárií do pavilonu žiraf, zprovoznily se výběhy a ubikace pro gepardy. Otevření průchozího výběhu makaků červenolících, přestavba hyenince na Jihoamerický pavilon, výstavba velkého rysího výběhu a vyhlídky na výběhy žiraf byly součástí dalšího zkvalitňování expoziční části. Velkou investiční akcí byla také stavba výtopny na biomasu a rozvody tepla do jednotlivých pavilonů. V závěru této dekády byly zahájeny práce na společných výbězích pro medvědy a vlky. V roce 2007 došlo ke změně ředitele, na konci roku odešel Ing. Zdeněk Slavotínek na zasloužený odpočinek a ve funkci jej od ledna 2008 vystřídal Dr. Ing. Radomír Habáň. Zoo Olomouc se v tomto období stala členem prestižní Světové asociace zoologických zahrad a akvárií (WAZA). Ode dne otevření zoo vždy platil přísný zákaz vstupu psů do jejího areálu, na začátku tohoto tisíciletí byl zákaz zrušen a psi do zoo směli vstoupit po zakoupení vstupenky za 10 Kčs, která byla od roku 2007 zvýšena na 20 Kčs. Návštěvnost se většinou udržovala v rozmezí 360 – 400 000 osob ročně a celkem třikrát tuto hranici překonala.
Na chovatelském úseku jsme dosáhli mnoha úspěchů. Zapojili jsme se do chovu velmi vzácných levhartů mandžuských, v přírodě ohrožených vyhubením, a podařilo se u nich odchovat i několik mláďat. Začaly se dařit chovy berberských lvů i gepardů a počty narozených přímorožců jihoafrických dosáhly přes dvě stě mláďat. Nově vzniklý jihoamerický pavilon zase pomohl obohatit kolekci savců o nové druhy do té doby v olomoucké zoo nikdy nechované – mravenečníky velké a čtyřprsté, lenochody dvouprsté, pásovce štětinaté a malpy plačtivé. Chovu exotických ptáků velkou měrou pomohla stavba zimoviště s odchovnou v zázemí. V tomto období se dařilo rozmnožovat pásovce štětinaté, mravenečníky čtyřprsté, lenochody dvouprsté, urzony kanadské, šakaly čabrakové, jaguáry, kočky rybářské a jaguarundi, fenky, vlky, antilopy bongo, pižmoně, zoborožce kaferské a Deckenovy, arrasari zlatolící, kondory královské, sovice sněžné, hroznýše Dumerilovy, krokodýly čelnaté, pralesničky pruhované, klauny sedlové, parmovce skvělé a žralůčky perské. Z nových druhů, které se nikdy před tím v zoo nechovaly lze jmenovat třeba kosmany stříbřité, charzy žlutohrdlé, vlky arktické a Hudsonovy, jeřáby popelavé a mandžuské, zoborožce tmavé a šedolící, supy hnědé, ibisy skalní, několik druhů papoušků ara, trnorepy skalní, soltýny barakuda či sibu skvrnitou. Náklady na krmný den v roce 2000 činily 10 466 Kč, v roce 2009 to bylo již 14 996 Kč.
Také v této době jsme se zúčastňovali soutěží o odchov a stavbu roku pořádaných občanským sdružením Česká zoo. Vyhodnocení probíhalo stejně jako v předchozím období ve Štramberku, teprve ceny za rok 2005 nově pojmenované „Bílý slon“ byly předávány v trojském zámku v Praze. V roce 2001 jsme získali druhé místo za odchov dhoula a třetí místo za odchov žirafích dvojčat, rok poté to bylo třetí místo za odchov žralůčků perských a v roce 2003 druhé místo za odchov zoborožce kaferského. Za odchov pásovců jsme v roce 2006 získali první místo v kategorii savců. V roce 2007 to bylo druhé místo za odchov krokodýlů čelnatých, o rok později pak první místa za odchovy mravenečníků čtyřprstých a arrasari zlatolících a v roce 2008 třetí místo v kategorii savců za odchov fenků. V soutěži o „Expozici roku“ jsme dostali v roce 2003 v kategorii nových staveb za volný výběh makaků červenolících a v roce 2004 cenu za rekonstrukci obřího akvária v pavilonu šelem.
Na úseku propagace a marketingu bylo vydáno několik průvodců s aktualizovanou mapkou, vznikly nové samolepky, plakáty, leporela, pohlednice, tři nástěnné kalendáře a řada dalších propagačních materiálů. Začal se vyvíjet nový vizuální styl, v rámci nějž byly vyměněny všechny informační cedulky zvířat, po mnoha letech bylo změněno logo a zásadních změn doznaly i webové stránky. Po celém areálu přibyly nové naučné panely. K padesátému výročí otevření Zoo Olomouc pro veřejnost byla vydána kniha „Zoo Olomouc včera a dnes“ a poblíž vchodu se na sedmi panelech objevila výstava mapující historii zoo. Knihu napsal dlouholetý zaměstnanec Milan Kořínek s pomocí mnoha dalších spolupracovníků. Na 128 stranách popisuje historii i současnost naší zoo. Tematicky je rozdělena do tří částí, v první čtenář najde historii zoo od myšlenky vzniku až do roku 2006. Druhá se věnuje procházce po zoo s popisem všech pavilonů, výběhů, expozic a dalších staveb s výkladem jejich vzniku a seznam zde chovaných zvířat. Třetí část popisuje nejvýznamnější druhy zvířat chovaných v současnosti i minulosti. Kniha je doplněna velkým množstvím černobílých i barevných fotografií, součástí jsou i reprodukce pohlednic, plakátů, průvodců a dalších dobových propagačních materiálů a mapky zoo poskytující vyčerpávající informace o stavu zoologické zahrady od šedesátých let až po současnost. Knihu vydala Zoo Olomouc za přispění Magistrátu města Olomouce v nákladu 1000 kusů. V blízkém i širším okolí Olomouce bylo umístěno několik billboardů, které lákaly projíždějící automobilisty na návštěvu zoologické zahrady. Zoo se téměř každý týden prezentovala s novinkami v denním tisku. Velmi časté byly návštěvy regionálních i celorepublikových televizí, kdy se zajímavá zvířata objevovala i v hlavních zpravodajských blocích.